इस निदेशालय का इतिहास वर्ष 1979 से तलाशा जा सकता है, जब डीआरडीओ मुख्यालय का पुनःगठन किया गया था। वर्ष 1979 में, सामान्य प्रशासन, आकस्मिक घटनाओं, टेलिफोन, यात्रा आदि जैसे मामलों के साथ निबटने के लिए एडी (बजट/योजना) के अंतर्गत दो प्रभाग जिनके नाम आरडी-29 (बी) 1 और आरडी-29 (बी) हैं, सृजित किए गए थे। दिसंबर 1982 में, एक पृथक प्रतिष्ठान निदेशालय प्रतिष्ठान की जरूरत महसूस की गई और यह निदेशालय इसके प्रधान के रूप में उप निदेशक (प्रतिष्ठान) के साथ सृजित किया गया। इस निदेशालय के पहले कार्याधिकारी लेफ्टीनेंट कर्नल एसके मंगल थे। वर्ष 1983 में, उपनिदेशालय (प्रशासन) का विलयन उपनिदेशक (प्रतिष्ठान) के साथ कर दिया गया और इसका नया नाम उपनिदेशालय (प्रशासन/प्रतिष्ठान) रखा गया। डीआरडीओ के संपूर्ण विकास तथा इस निदेशालय की जिम्मेदारियों को देखते हुए, वर्ष 1986 में इस पद का उन्नयनकर इसे निदेशक (प्रशासन/प्रतिष्ठान) का पद दिया गया। इस तरह, लेफ्टीनेंट कर्नल केपी गुप्ता प्रथम निदेशक बनें। मार्च 1991 में, यह निदेशालय दो भिन्न निदेशालयों, प्रशासन निदेशालय और प्रबंधन सेवाएं निदेशालय में बांट दिया गया। इनमें से प्रत्येक निदेशालय को आवंटित कर्त्तव्य नीचे दिए गए है:

• कूरियर डाक सेवा दिल्ली तथा बैंगलोर, पुणे, हैदराबाद, चेन्नई के बीच शुरू की गई है।
• यहां डीआरडीओ में पहली बार एक व्यापक "डीआरडीओ परिवहन नीति" तैयार और शुरू की गई है। इसका उद्देश्य फिर प्रक्रियाओं को आसान बनाना, कार्य में सुविधा और प्रभाविकता के लिए प्रयोगशाला निदेशकों के लिए शिष्टमंडल को वर्धित करना है।
• कार्यालय आदेशों/निर्देशों की सारपूर्ण सारणी जारी की गई है जिसमें इस निदेशालय द्वारा कार्याधीन विभिन्न विषयों पर कई नीति पत्र/दिशानिर्देश/प्रक्रियाएं शामिल हैं।
• दिल्ली में स्टाफ के लिए एक परिवहन सुविधा सृजित की गई है
• मुख्यालय में एक नई किसल प्रणाली शुरू की गई है
• डीआरडीओ से सहायता-प्राप्त सभी स्कूल की कार्यविधियों की समीक्षा की गई और व्यापक दिशानिर्देश जारी किए गए हैं जिसका परिणाम न्यूनतम खर्च पर सन्तुष्टि स्तर में वृद्धि होगा।
• A 'handbook on welfare' has been compiled and issued to all Labs/Estts.
• 'कल्याण पर हस्तपुस्तिका' संकलित की गई और सभी प्रयोगशालाओं/प्रतिष्ठानों में जारी की गई है।

इस निदेशालय के दृष्टि केंद्र में मुख्यालय तथा प्रयोगशालाओं/प्रतिष्ठानों के सभी प्रयोगकर्त्ता निदेशालयों को पर्याप्त एवं विनम्र सेवा प्रदान करना है।